La ciudad de Lisboa cuenta con 5 estaciones de tren y algunas más suburbanas, siendo la empresa Caminhos de Ferro Portugueses – CP quien opera el servicio. El sistema ferroviario ha mejorado notablemente en los últimos 10 años modernizando el servicio, especialmente la conexión Oporto-Lisboa, al introducir el servicio de trenes de alta velocidad. Los trenes internacionales y de larga distancia, al igual que las líneas suburbanas del oeste y del norte, parten desde la estación de trenes Santa Apolonia, localizada sobre la Avenida Infante D Henrique.
Luego de finalizada la Expo en el año 1998, la estación de Oriente situada dentro del Parque das Nações, ha adquirido importancia en cuanto a servicios de larga distancia, en tanto que a la Estación Barreiro arriban las formaciones provenientes del sur. Por otra parte las formaciones que parten desde Cais do Sodré arriban a Estoril y Cascais y a Sintra los provenientes de Rossio.
Si bien la infraestructura no es muy buena, en algunas estaciones existen tiendas de refrigerios y alguno que otro centro comercial. Las principales ciudades del país con diversos puntos de Oporto y Lisboa se conectan mediante el servicio de trenes Intercity. Este tren con salida desde Faro, del mismo modo que el excelente servicio de Alfa Service, partiendo desde Oporto, tarda aproximadamente unas 3 horas y media para arribar a la ciudad de Lisboa. Desde las ciudades de Madrid y París existen trenes nocturnos con una demora de 10 horas y 18 horas y media, respectivamente.
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